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Rを用いたLiverplotの描き方(RStudio)

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  こんにちは、e-URO2023です。 我流で、論文や発表のために統計解析をしているのですが、 今回、初めてRiverplotなるものを描いてみたので、備忘録としてあげておきます。 ここで注意点です: 私は完全に我流で統計を学んでおり、計算式などはちんぷんかんぷんです。 また、プログラミングや言語についてもあまり理解できていません。 普段はEZRを使っていますが、EZRで解析しきれないような分析(IPTW method)やキレイなグラフを書きたいな、という理由で、最近Rstudioを使い始めました。 言語はなんとなくしか理解できていませんし、ネットで検索できるブログ記事を読み漁って参考にして、なんとかグラフを作成しています。 そこはご理解の上、ご一読ください。 統計のプロの方にもし見ていただけるのであれば、批評などぜひお願いします! 参考にしたサイト: ①シンペのアイロニカルデスク(https://shimpei.fun/?p=974) ②バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo] (https://bioinfo-dojo.net/2017/08/18/r-rcolorbrewer_alpha/)   ↓いつも参考にしている新谷先生の本です。 医療統計でつまづいている方、これから医療統計を始めようという方はぜひ読んでみてください! 今日から使える医療統計 [ 新谷歩 ] 価格:3,080円(税込、送料無料)   (2023/9/10時点) 楽天で購入 ↓統計が全く分からなかったとき(大学院時代)に読んだ本です。 統計についてはこの本から勉強を始めました! イチから学び始める方も、この本なら非常にわかりやすくてオススメです。 いまさら誰にも聞けない医学統計の基礎のキソ(第1巻) まずは統計アレルギーを克服しよう! (Dr.あさいのこっそりマスターシリーズ) [ 浅井隆(医師) ] 価格:3,080円(税込、送料無料)   (2023/9/10時点) 楽天で購入 下準備 # まず今回使用するパッケージをインストールしましょう! install.packages("riverplot") install.packages("RColorBrewer")   # libraryで呼び出し library(...

尿の臭い3

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  こんにちは、e-URO2023です! 今回は「尿の臭い 第3回」です! ⇒前回までの記事はこちら 尿の臭い 第1回 :アンモニアについて 尿の臭い 第2回 :フェノール化合物について   さて、尿の臭いの原因として、以下の4つが考えられています。 尿の臭いの原因 ①アンモニア ②フェノール化合物 ③尿臭をもたらす食物の摂取 ④尿比重が濃い(水分を十分にとっていない)    今回は③、「尿臭をもたらす食物の摂取」についての解説です! 尿臭をもたらす食物とは?? ニンニク、ニラ、アスパラガス、コーヒーがまず挙げられます。 これらの食物は、ネットで検索してもよくヒットしますよね。 ストーマ装具を作っているConvatecという会社のページには、 ウロストミーの食事のコツ として上記の他に、 「卵・魚類・アルコール・アブラナ科の野菜(キャベツ、ブロッコリー、カリフラワーなど)・特定の種類のチーズ・ベイクドビーンズ・玉ねぎ」も尿臭を強くする食物として挙げられています。 普段よく口にする食材も多いですね。 ニンニク・ニラ ニンニクやニラは、尿臭をもたらす食べ物として有名です。 ニンニク・ニラはネギと同じ「ユリ科ネギ属( Allium )」に属しています。 KAGOMEのサイトに以下のページがあったので、参考にしてみてください。 ネギやニンニク、ニラの匂い成分と、食べられるようになった理由 さて、ニンニクやニラが尿臭をもたらすというのはわかりますが、 何故? について述べられたページはほとんどありませんでした。 ほぼ唯一、Scheffler Lらが尿臭とニンニクの関係性について研究し、論文化しておりましたので、ざっくり解説したいと思います! 2016年にMetabolitesという雑誌に掲載された論文です1)。 これによると、ニンニク由来の代謝物であるアリルメチルスルフィド(AMS)、アリルメチルスルホキシド(AMSO)、アリルメチルスルホン(AMSO2)という3つの揮発性代謝物が、尿臭に寄与していたとのことです。 また2019年には、これら揮発性代謝物について 高分解能ガスクロマトグラフィーを用いて 、ニンニク接種後1-2時間後、および6-8時間後に尿中濃度が最も高かったという報告もしています2)。 ニラの尿臭について書かれた論文をみつ...