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Rを用いたLiverplotの描き方(RStudio)

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  こんにちは、e-URO2023です。 我流で、論文や発表のために統計解析をしているのですが、 今回、初めてRiverplotなるものを描いてみたので、備忘録としてあげておきます。 ここで注意点です: 私は完全に我流で統計を学んでおり、計算式などはちんぷんかんぷんです。 また、プログラミングや言語についてもあまり理解できていません。 普段はEZRを使っていますが、EZRで解析しきれないような分析(IPTW method)やキレイなグラフを書きたいな、という理由で、最近Rstudioを使い始めました。 言語はなんとなくしか理解できていませんし、ネットで検索できるブログ記事を読み漁って参考にして、なんとかグラフを作成しています。 そこはご理解の上、ご一読ください。 統計のプロの方にもし見ていただけるのであれば、批評などぜひお願いします! 参考にしたサイト: ①シンペのアイロニカルデスク(https://shimpei.fun/?p=974) ②バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo] (https://bioinfo-dojo.net/2017/08/18/r-rcolorbrewer_alpha/)   ↓いつも参考にしている新谷先生の本です。 医療統計でつまづいている方、これから医療統計を始めようという方はぜひ読んでみてください! 今日から使える医療統計 [ 新谷歩 ] 価格:3,080円(税込、送料無料)   (2023/9/10時点) 楽天で購入 ↓統計が全く分からなかったとき(大学院時代)に読んだ本です。 統計についてはこの本から勉強を始めました! イチから学び始める方も、この本なら非常にわかりやすくてオススメです。 いまさら誰にも聞けない医学統計の基礎のキソ(第1巻) まずは統計アレルギーを克服しよう! (Dr.あさいのこっそりマスターシリーズ) [ 浅井隆(医師) ] 価格:3,080円(税込、送料無料)   (2023/9/10時点) 楽天で購入 下準備 # まず今回使用するパッケージをインストールしましょう! install.packages("riverplot") install.packages("RColorBrewer")   # libraryで呼び出し library(&quo

尿の臭い3

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  こんにちは、e-URO2023です! 今回は「尿の臭い 第3回」です! ⇒前回までの記事はこちら 尿の臭い 第1回 :アンモニアについて 尿の臭い 第2回 :フェノール化合物について   さて、尿の臭いの原因として、以下の4つが考えられています。 尿の臭いの原因 ①アンモニア ②フェノール化合物 ③尿臭をもたらす食物の摂取 ④尿比重が濃い(水分を十分にとっていない)    今回は③、「尿臭をもたらす食物の摂取」についての解説です! 尿臭をもたらす食物とは?? ニンニク、ニラ、アスパラガス、コーヒーがまず挙げられます。 これらの食物は、ネットで検索してもよくヒットしますよね。 ストーマ装具を作っているConvatecという会社のページには、 ウロストミーの食事のコツ として上記の他に、 「卵・魚類・アルコール・アブラナ科の野菜(キャベツ、ブロッコリー、カリフラワーなど)・特定の種類のチーズ・ベイクドビーンズ・玉ねぎ」も尿臭を強くする食物として挙げられています。 普段よく口にする食材も多いですね。 ニンニク・ニラ ニンニクやニラは、尿臭をもたらす食べ物として有名です。 ニンニク・ニラはネギと同じ「ユリ科ネギ属( Allium )」に属しています。 KAGOMEのサイトに以下のページがあったので、参考にしてみてください。 ネギやニンニク、ニラの匂い成分と、食べられるようになった理由 さて、ニンニクやニラが尿臭をもたらすというのはわかりますが、 何故? について述べられたページはほとんどありませんでした。 ほぼ唯一、Scheffler Lらが尿臭とニンニクの関係性について研究し、論文化しておりましたので、ざっくり解説したいと思います! 2016年にMetabolitesという雑誌に掲載された論文です1)。 これによると、ニンニク由来の代謝物であるアリルメチルスルフィド(AMS)、アリルメチルスルホキシド(AMSO)、アリルメチルスルホン(AMSO2)という3つの揮発性代謝物が、尿臭に寄与していたとのことです。 また2019年には、これら揮発性代謝物について 高分解能ガスクロマトグラフィーを用いて 、ニンニク接種後1-2時間後、および6-8時間後に尿中濃度が最も高かったという報告もしています2)。 ニラの尿臭について書かれた論文をみつけだすことはできなかったのですが、 ニ